Margherita di Savoia si adagia sulla parte litoranea del Tavoliere foggiano, sullo splendido Golfo di Manfredonia e a pochi Km dal Gargano.

La città si estende su un rettilineo di oltre 2 Km che corre parallelamente tra il mare e le saline, le più grandi d'Europa.

Molto importante è la zona umida, riconosciuta d'interesse internazionale come habitat di uccelli acquatici tra cui fenicotteri rosa, avocette, aironi e cavalieri d'Italia che trasformano la salina in un trionfo di colori e di bellezza.

Per le acque salso-bromo-iodiche le Terme sono frequentate quasi tutto l'anno da moltissima gente. La spiaggia, vastissima, è di sabbia fine e dorata e il mare è pulito e trasparente tanto da poter vedere il fondale.